整体来说，环境的污染，压力的增加、饮食改变致使肥胖人口增加，以及先天或幼年的疾病伤害等，都和男性不育有密切关系。男性不育的原因有很多，大致可分下列几类：

　　遗传基因：遗传基因造成男性不育的原因中是最常见的是囊状纤维化，其精虫先天纤毛活动差；或是先天无输精管也会不孕；还有先天性染色体异常，例如多了一个X染色体或是多一个Y染色体，都会造成男性不孕。先天染色体异常中的发生率约1/500，因为多了一个X染色体，所以出生时睾丸就此较小，而体型发育偏像女性，乳房发育比较大、手较长、睾丸、阴茎都比较小等。

　　感染症：如果小时候感染腮腺炎，发生男性不育的原因的机率也会提高，如果小时候是两侧腮腺炎，其发生不育的机率是1/10；此外，长大后如果感染性病，如淋病、滴虫等，也可能造成输精管发炎而阻塞，最后造成不育。

　　外伤：有些男性不育的原因是因为小时候受伤，伤及睾丸而造成睾丸萎缩；有些则是睾丸跑到腹股沟，而影响到精虫制造，研究指出，单侧隐睾症不育机率约10％，而如两侧隐睾症，其机率则高达30％。

　　开刀：小时候因为疝气开刀，如果手术不当伤及输精管，也可能在日后发生不育。

　　精索静脉曲张：在男性不育的原因里，精索静脉曲张约占了3至4成的比率。精索静脉曲张会造成不育，主要是因血液的郁积使得睾丸温度上升，而影响睾丸产生精子的能力。不过，精索静脉曲张也是男性不育中治疗效果最好的，在接受外科手术治疗后，70％的患者的精液品质可获得改善，受育率则提高至40—50％。

　　全身性的疾病：如糖尿病、高血压、肝功能不佳、肾功能衰竭、血液疾病等也都可能影响精虫的品质，是造成男性不育的原因。

　　不良生活习惯：抽烟、喝酒、吸毒、药物滥用都可能造成不育。香烟中的尼古丁会影响精虫的品质，同时抽烟也会造成血管的痉挛、狭窄，造成血液循环不佳，影响睾丸功能，酗酒也是如此。吸毒者或者可卡因成瘾者，研究也都证实会影响精虫的品质。

　　荷尔蒙异常：男性荷尔蒙下降或是泌乳素太高都可能影响精虫品质。此外，研究也发现，生活压力过大、生活作息失调者也都会使泌乳素升高造成不育。

　　重金属污染：地下水、土地的污染，都可能让人体不知不觉摄入过多重金属，而这些重金属如铅中毒，镉中毒都是会破坏精虫品质。

　　辐射线、电磁波：研究发现，辐射线、放射线、X光等的暴露如果时间够长、剂量够多，的确是会造成男性不育的原因。而现代人常使用手机，其电磁波到底会不会造成不育？目前在北欧和英国的动物实验证实，长期的电磁波暴露的确会造成不育，但仍只是动物实验，尚无法直接推论于人类，不过仍有其风险，所以专家建议还是不要常把手机挂在腰间。